На раскопках в Африке — «колыбели человечества» — археологи обнаруживают следы древней инопланетной цивилизации, положившей начало людскому роду на Земле. Среди находок — карта с координатами родной планеты неизвестных творцов. Спустя некоторое время концерном Weyland принимается решение о запуске космической экспедиции в указанном направлении (район Дзеты Сетки, в котором позже побывает и корабль «Ностромо» из первого фильма серии). Там астронавтов с почестями встречают «космические жокеи» — инопланетяне-полубоги, разгадавшие секреты мироздания, освоившие биомеханическую технологию и способные менять климат целых планет. Экипаж «Прометея» совершает роковую ошибку, попытавшись выведать главный секрет инопланетян — управляемое изменение климата. В результате гостеприимные повелители превращаются в разгневанных палачей и применяют своё самое грозное биологическое оружие. Однако, ситуация выходит из-под контроля, и технологии инопланетян оборачиваются против них самих…
Ридли Скотт, — режиссёр фильмов «Чужой» и «Бегущий по лезвию бритвы», — возвращается к жанру научной фантастики. В «Прометее» он создаёт новаторскую мифологию, повествующую о группе исследователей, которые находят ключ к тайне происхождения человечества на Земле и отправляются в захватывающее путешествие к самым отдалённым уголкам вселенной. В далёком мире они вступят в страшную битву за спасение будущего человеческой расы.